De esta forma, el C.A. Osasuna pasó a tener más de 300.000 metros cuadrados de superficie para potenciar la Ciudad del Fútbol. En el ámbito institucional, en 1987 se adquirieron en propiedad 80.000 metros cuadrados más de terrenos lindantes con las Instalaciones de Tajonar y en 1990 se inauguró la nueva tribuna Tribuna de Preferencia Alta en el estadio de El Sadar, con capacidad para 4.000 espectadores. En el aspecto institucional, en la temporada 1982/1983, se inauguran las Instalaciones de Tajonar sobre una superficie de 80.000 metros cuadrados, colmando así una vieja aspiración del Club con el fin de trabajar la cantera. En el aspecto institucional, el Gobierno de Navarra aprobó el proyecto de modificación de las normas subsidiarias del Valle de Aranguren para la ampliación de las Instalaciones de Tajonar. Con ligeros retoques en el proyecto ideado por Miguel Ángel, que dejó una maqueta para la cúpula central realizada entre 1558 y 1561, se realizó la terminación de las obras, 24 años después de su muerte, por los arquitectos Giacomo della Porta y Domenico Fontana, con una altura de 132 metros y un diámetro de 42,5 metros. Un Crucifijo de marfil, datado hacia el periodo 1496-1497, ha estado atribuido recientemente a Miguel Ángel.

En el año 2002, tras dos años consecutivos en Primera División, Javier Miranda Martínez y Miguel Ángel Lotina abandonaron el C.A. Osasuna para dar paso a Patxi Izco, presidente, y Javier Aguirre, exjugador rojillo en la década de los ochenta, como entrenador. Javier Aguirre volvió a ser el entrenador del equipo en la temporada 2003/04, un año realmente espectacular para los rojillos. Para iniciar el encuentro, uno o más jugadores de un equipo moverán el balón hacia la portería rival desde el punto medio de la línea media, momento donde empezará a correr el tiempo reglamentario. Se creó una escuela de fútbol cuyo objetivo consistía en formar a los futuros jugadores rojillos. Uniforme titular: camiseta azul con una franja amarilla horizontal, pantalón azul, medias azules. El 13 de agosto de 1939 se utilizó por primera vez en la historia del club el emblemático uniforme azul, en esa ocasión combinado con pantaloneta azul y medias grises. En el partido de ida jugado en Pamplona el resultado fue de empate a cero, siendo en el partido de vuelta, disputado en el estadio de Neckarstadion, donde los rojillos lograron otro hito en su historia, merced a la victoria por 2-3 del equipo navarro, que le clasificó para los octavos de final de la competición europea por primera vez en su historia.

Las diferencias más notorias son el menor tamaño del terreno de juego y las porterías, el número de jugadores por equipo (7 en lugar de 11), la inexistencia del fuera de juego y la libertad para efectuar un saque de banda de la forma que el jugador lo desee. Los jugadores expulsados durante el encuentro también pueden ser citados. En la temporada 1979/80, 17 años después, Osasuna logró de nuevo ascender a Primera División, logrando estar durante catorce temporadas consecutivas en esta categoría. Con él como presidente llegaron unos años de estabilidad en el plano institucional y de éxitos en el deportivo. Más de 6 años de experiencia en medios de comunicación digital. A partir de ahí se inició una época de inestabilidad, Fermín Ezcurra, tras más de dos décadas en el cargo dejó la presidencia para dar paso a Javier Garro (1994/96) y este, posteriormente, a Juan Luis Irigaray (1996/98). Además de dos presidentes en cuatro años, el banquillo del C.A. Osasuna fue ocupado por siete entrenadores en este periodo de tiempo: Txetxu Rojo, Manolo Los Arcos, Paquito, Rafael Benítez, Pedro Mari Zabalza, Miguel Sola y Enrique Martín.

En la campaña 1970/71, Emilio García Ganuza sustituyó a Jacinto Saldise en la presidencia de Osasuna. Particularmente inolvidable resulta la fecha del 30 de diciembre de 1990. Ese día, Osasuna venció en el Santiago Bernabéu al Real Madrid por 0-4. El polaco Jan Urban, con tres goles, se destapó como el ídolo del osasunismo. La Federación trasladó la voluntad del gobierno a sus asociados mediante la circular federativa 3. 149, comunicada el 21 de diciembre de 1940, por la que se obligaba a todos los clubes a cambiar su denominación, lo que debía hacerse antes del 1 de febrero de 1941. Así fue como el Real Madrid F.C. Después de 38 jornadas de competición, el equipo que entrenaba Javier Aguirre finalizó en el cuarto lugar de la clasificación, igualando su mejor clasificación histórica, sólo superado por el F.C. En la temporada 2013-14 el club dirigido ya por Mark Hughes, finalizó en el noveno lugar de la tabla, siendo esta la más alta posición conseguida por el equipo al término de la liga. En la competición doméstica no le fueron mal las cosas al equipo que finalizó la liga en 14.ª posición.